ایسوس برای زیباتر شدن سیستم اسمبل شده توسط کاربران، ویژگی ترکیب رنگی Aura را در این سری هم گنجانده تا ظاهر مادربورد برای هر سلیقه ای متناسب باشد. نور حاصل شده از LED های RGB در اطراف سینک خنک کننده چیپست X99 و اسلات های PCIe برای کاربران قابل تغییر است، همچنین در این سری ایسوس برای استحکام بیشتر اسلات PCIe در هنگام نصب کارت گرافیک های سنگین، از SafeSlot استفاده کرده که این راهکار توسط یک سپر محافظ و لحیم اضافه به مادربود ساخته شده است.
همچنین در مادربوردX99-Deluxe II یک کارت توسعه ASUS ThunderboltEX 3 به رایگان قرار داده تا سرعت انتقال ۴۰ گیگابیت بر ثانیه نیز در این سری از مادربوردها قابل دستیابی باشد.
در این مدل برای بخش صوتی نیز، مانند سری قبل، از کارت صدای با فناوری Crystal Sound 3 استفاده شده است. خازن های ژاپنی، جدا سازی بخش صوتی به صورت فیزیکی با یک خط نورانی و مجموعه قطعات با کیفیت برای داشتن صدایی رسا و شفاف، جلوه های صوتی را با کارآمدی این سری از مادربوردهای ایسوس ترکیب کرده تا تجربه ای جدید از آخرین پردازنده های اینتل به کاربر برساند.
