شواهد فعلی نمی‌توانند خالکوبی را کاملاً ایمن یا ناایمن اعلام کنند. عفونت و آلرژی از عوارض شناخته‌شده هستند و ارتباط احتمالی خالکوبی با سرطان همچنان در حال بررسی است.
تاتوها می‌توانند از طریق جوهر و رنگدانه‌ها بر سیستم ایمنی اثر بگذارند، التهاب ایجاد کنند و پیامدهای بلندمدت ناشناخته‌ای داشته باشند.